医药制造业的税收征管，应根据其行业特点，以信息化为依托，全面及时掌握企业生产经营、财务核算和资金流转信息，以物流、资金流控制为重点，对企业生产经营的事前、事中、事后的全过程进行监控，最大限度减少税款流失。

一、税收征管重点

根据药品生产行业生产经营的主要特点，对医药制造企业的税收管理应当重点抓好以下几个环节：

（一）原材料管理环节

加强对企业原材料采购、入库、领用等环节的监控，防止出现涉税风险。比如有些原料保管不当，极易造成霉变报废，如企业不按规定进行税务处理，容易造成税收流失。

（二）药品生产环节

加强对企业成本结转的监控，防止出现虚增或转嫁成本从而造成税款流失的问题。比如有的企业可能会将应当作报废处理的原材料作领料处理，从而虚增生产成本；有的企业还可能会隐瞒药品产成品数量，从而增加入库产品的单位成本。

（三）药品储运环节

加强产品出入库的管理，医药制造企业一般都存在内部人员自用药品和将库存药品赠送他人的行为，还会出现库存或销售退回药品过期报废现象，企业可能不做、少做视同销售和非正常损失的税务处理。

（四）药品销售环节

重点关注企业销售模式，分析企业产品定价区域差异是否在合理范围，会务费、广宣费等有无违规列支问题，以及医药制造企业有无将药品低价销售给关联企业从而进行恶意税收筹划问题。

二、税收征管难点

医药制造企业的税收征管存在以下难点：

（一）药品成本监控难

由于药品品种多、规格多，因涉及商业秘密，不愿主动向税务机关提供药品配方，税务机关难以掌握其原料投入、成本归集等情况，很难监控纳税人药品生产的真实成本。

（二）销售价格监控难

纳税人生产销售品种多，价格结算比较复杂，虽国家规定对药品价格实行政府定价、政府指导价或者市场调节价的价格管理办法，但纳税人通常根据经营的需要，在不违反国家法律的前提下，制定了各自的价格结算办法，加上“以药养医”、企业间不正当竞争等因素，造成药品价格高开现象大量存在，给税务机关监控药品真实销售价格带来困难。

（三）销售数量核实难

由于纳税人的营销模式特殊，赊销和代销情况较多，税务机关难以监控货物是否已发出，难以判定是否已经实现销售，难以掌握真实销售数量。

（四）税前扣除核实难

医药制造业是知识密集和资金密集型行业，前期生产准备投入较大，且药品可替代性强，市场竞争激烈，企业为生存、发展需要，研发投入和市场投入费用较多，给税务机关对费用的归集、划分及其真实性、相关性、合理性的核实带来较大困难。

（五）涉农产品进项税额核实难

中药、中成药和生物制品等产品的加工生产都涉及到农产品的采购，由于增值税政策中对农产品抵扣的特殊规定，使税务机关对增值税进项税额核实较难。

（六）关联交易监控难

部分纳税人利用关联方之间的购销商品、转让有形或无形资产、出让与受让股权、提供担保等方式，通过税负差、地区税收优惠差异等达到减少企业或者其关联方应税所得的目的，增加了税收征管的难度。